A terceira ponte da cidade foi construída em 1237, quando o prefeito da época, Rubaconte Mandello, colocou a pedra fundamental, juntamente a Lapo, pai de Arnolfo di Cambio. Por esse motivo, se chamou Ponte Rubaconte durante algum tempo.

Construída na parte mais larga do rio, inteiramente de pedra e com nove arcos, era a maior ponte de Florença.

Na Ponte alle Grazie (ou Rubaconte) foram feitas uma série de construções, casas de madeira, depois transfornadas em capelas, mosteiros e lojas, semelhantes aquelas existentes na Ponte Vecchio, porém mais elegantes. Entre elas estavam os claustros dos "murate", onde existia desde 1320 uma pequena comunidade de freiras, transferida no século XV para o mosteiro de mesmo nome na Via Ghibellina.

Entre essas capelas havia uma com uma Nossa Senhora padroeira dos Alberti, colocada no primeiro andar da antiga estrutura, conhecida como Santa Maria das Graças (Santa Maria alle Grazie), devido a seus feitos milagrosos. A partir deste santuário a ponte recebeu seu nome atual.

Nessa ocasião, o altar foi transferido para uma capela no atual Lungarno Diaz, que recebeu o nome de Santa Maria delle Grazie.

Na cabeça da ponte, em 1273 os grupos florentinos dos guelfos e gibelinos selaram solenemente a paz na presença do Papa Gregório X. Quatro dias depois as brigas recomeçaram mais fortes que antes.

A ponte resistiu a todas as inundações, até mesmo ao desastre de 1333. Em 1347, dois arcos da margem esquerda foram fechados para ampliar a Piazza dei Mozzi. Como se pode perceber, era a mais antiga, tendo em conta a reconstrução da Ponte Velha, em 1345, e talvez por um tempo tenha sido a mais bonita. Pelo menos até 1876, quando decidiram modernizá-a: as construções, por vezes abandonadas, foram todas destruídas para alargar a pista da ponte e e instalar ali a linha do trem, criando calçadas e parapeitos de ferro fundido. Desmanchados todos os edifícios que estavam lá, a ponte dos agraciados tornou-se anônima, como ainda é hoje, após a reconstrução pós-guerra.

Em agosto de 1944, seus arcos foram destruídos pela explosão das minas alemãs com a retirada nazista. No ano seguinte foi lançado um concurso para a reconstrução da ponte, sendo vencedor o grupo formado pelos arquitetos Giovanni Michelacci, Edoardo Detti, Riccardo Gizdolich e Danilo Santi e pelo engenheiro Piero Melucci. Um projeto que incluía inicialmente apenas cinco arcos, e concluído depois de diversas modificações das ideias iniciais. Foi reinaugurada em 1957.

A atual Ponte alle Grazie se apresenta como uma estrutura convencional e funcional, mas não tem absolutamente nada a ver com a anterior estrututa fascinante e robusta, não obstante a escolha de um estilo relativamente moderno que se harmonizasse com a estrutura com a antiga estrutura histórica.

O concreto armado e o cimento foram amplamente utilizados e para as colunas foram colocadas pedras para cobrir o material moderno.